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Quando a Índia se tornou uma república em 1950, Prasad foi eleito seu primeiro presidente pela Assembleia Constituinte. Como presidente, Prasad estabeleceu uma tradição de apartidarismo e independência para o titular do cargo e se aposentou da política partidária do Congresso. Embora fosse um chefe de estado cerimonial, Prasad encorajou o desenvolvimento da educação na Índia e aconselhou o governo de Nehru em várias ocasiões. Em 1957, Prasad foi reeleito para a presidência, tornando-se o único presidente a cumprir dois mandatos completos. Prasad permaneceu no cargo pelo período mais longo, cerca de 12 anos. Após a conclusão de seu mandato, ele deixou o Congresso e definiu novas diretrizes para os parlamentares que ainda são seguidas. Prasad desempenhou um papel importante na formação da Conferência de Estudantes do Bihari em 1906 e serviu como presidente da Assembleia Constituinte que elaborou a Constituição da Índia.