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Quando l'India divenne una repubblica nel 1950, Prasad fu eletto suo primo presidente dall'Assemblea costituente. Come presidente, Prasad stabilì una tradizione di non partigianeria e indipendenza per il portatore di cariche e si ritirò dalla politica del partito del Congresso. Sebbene fosse un capo di stato cerimoniale, Prasad ha incoraggiato lo sviluppo dell'istruzione in India e ha consigliato il governo di Nehru in diverse occasioni. Nel 1957, Prasad fu rieletto alla presidenza, diventando l'unico presidente a servire due mandati a pieno titolo. Prasad rimase in carica per il periodo più lungo di circa 12 anni. Dopo il completamento del suo mandato, ha lasciato il Congresso e ha stabilito nuove linee guida per i parlamentari che sono ancora seguite. Prasad ha svolto un ruolo importante nella formazione della Conferenza degli studenti di Bihari nel 1906 e ha servito come presidente dell'Assemblea costituente che ha redatto la Costituzione dell'India.