La Federación Médica de Entre Ríos tiene como zona de actuación el territorio de la provincia de Entre Ríos. En consecuencia, está integrada por todas las entidades médico gremiales departamentales organizadas de manera similar, existentes en todo el territorio. Entre otros, la Femer tiene como misión institucional:
- Reunir en su seno y representar a todas las entidades médico gremiales departamentales.
- Ejercer la representación y defensa de los intereses profesionales de los médicos ante el Estado Nacional, la Provincia, los municipios e instituciones públicas y privadas de todo tipo.