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Como a guerra continuou a se perpetuar, o processo de prestação de serviços aos mártires continuou; assim, em 1990 a autoridade foi separada da direção geral de pensões e passou a funcionar como uma direção independente para mártires e deficientes sob o cargo de vice-presidente. Mais tarde, em abril de 1992, em um esforço para homenagear a sagrada Jihad do bravo povo afegão, a autoridade foi promovida ao status de ministério que começou a funcionar com o registro de mártires e deficientes físicos, atendendo às necessidades dos mártires e PcDs em todo o país. Durante a era do Taleban em 1996, a diretoria foi incorporada ao Ministério dos Refugiados e Retornados, onde continuou a funcionar como um ministério adjunto. Em 2002, durante o período de transição, a diretoria foi novamente promovida ao status de ministério denominado “Ministério dos Mártires e dos Deficientes”. Em 2006, o ministério foi incorporado ao ministério do Trabalho e Assuntos Sociais e foi denominado coletivamente de Ministério do Trabalho, Assuntos Sociais, Mártires e Deficientes “MoLSAMD”. No ministério, os assuntos relacionados aos mártires e pessoas com deficiência eram administrados por meio de um ministério adjunto.
Em 07 de outubro de 2019, o vice-ministério foi separado do MoLSAMD e tornou-se Autoridade Nacional de Apoio para Mártires e Pessoas com Deficiências por meio de um decreto presidencial emitido com o número de série 75. A autoridade começou a funcionar à luz das leis nacionais promulgadas destinadas a servir as pessoas que desistiram de suas vidas ou perderam familiares.
Posteriormente, a autoridade foi promovida a Ministério de Estado para Mártires e Assuntos de Deficiência por meio de um decreto presidencial emitido com o número de série 132 em 19 de janeiro de 2019 e está atualmente em funcionamento.