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O Departamento de Transportes possui as seguintes filiais de acordo com a estrutura organizacional existente.
Seção de administração, planejamento, monitoramento e avaliação.
Monitoramento de veículos, formulação de critérios e gestão de motoristas, coordenação interestadual, seção de estudos e pesquisas.
Seção de Tecnologia da Informação.
Teste de veículos, gerenciamento de tráfego dentro dos países e seção de gerenciamento de critérios de veículos.
Seção de Transporte Público, Segurança Viária e Reforço de Trânsito.