Nano est un jeu de raisonnement et d'histoire, vous devez trouver un moyen de sortir des lieux et trouver la bonne façon de terminer les niveaux, en ayant votre intelligence comme alliée.
Au fur et à mesure que vous progressez dans le jeu, vous débloquez des chapitres d'histoire, où vous pouvez suivre les événements qui suivent au fur et à mesure que le jeu progresse.